PSS Sleman membutuhkan waktu 24 tahun sebelum berkiprah di level teratas kompetisi sepak bola Indonesia. Pada tahun 2000, PSS Sleman akhirnya memenuhi mimpinya berkompetisi dengan tim elite Indonesia di ajang Divisi Utama (level teratas sebelum restrukturisasi dari Super League). Selama tahun 2000-2006, PSS Sleman berhasil mengamankan keberadaan mereka di divisi utama. Posisi keempat pada tahun 2003 dan 2004 musim dan semifinalis Piala Indonesia 2005 adalah prestasi terbaik yang didapatkan selama periode tersebut.
Pada tahun 2006, gempa bumi besar melanda Daerah Istimewa Yogyakarta. Lebih dari 5000 orang meninggal dunia, ribuan orang kehilangan rumah, dan harta mereka. Karena kondisi tersebut, PSS Sleman dan dua tim lainnya dari Daerah Istimewa Yogyakarta (PSIM Yogyakarta dan Persiba Bantul) setuju untuk menarik diri dari kompetisi nasional. Karena kondisi bencana, PSSI (Persatuan Sepakbola Seluruh Indonesia) memutuskan untuk memberikan dispensasi bagi tiga tim tersebut.
Tahun 2007 menjadi salah satu tonggak sejarah PSS Sleman. Pada tahun itu, PSS Sleman mulai menggunakan stadion baru yaitu, Stadion Maguwoharjo sebagai kandang Super Elang Jawa. Stadion ini dibangun sebagai respon dari pemerintah kabupaten Sleman untuk mendukung PSS Sleman sebagai wakilnya di liga Indonesia. Sebagai tambahan, pada tahun 2002 sampai tahun 2003, PSS Sleman menyewa Stadion Mandala Krida yang lebih representatif sebagai home base mereka di Yogyakarta.
Saat ini PSS Sleman berlaga di BRI Super League, kompetisi sepak bola tertinggi di Indonesia. Sebagai klub yang dituntut menjadi lebih profesional, PSS Sleman melakukan perbaikan di berbagai bidang, salah satunya pada bidang media. Berkaitan dengan hal tersebut www.pssleman.id sebagai media informasi bagi pecinta PSS Sleman di manapun berada. Segala informasi yang berasal dari web ini bersifat pasti, berita yang masih bersifat rumor tidak akan kami beritakan. Pecinta PSS Sleman dapat menjadikan website ini sebagai acuan berita ataupun informasi yang aktual tentang PSS Sleman.